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Para habilitar ou desabilitar macros no excel via VBA basta usar o método AutomationSecurity conforme abaixo:

Para Habilitar:

Sub Workbook_Open()
  Application.AutomationSecurity = msoAutomationSecurityLow
End Sub

Para Desabilitar:

Sub Workbook_Open()
  Application.AutomationSecurity = msoAutomationSecurityForceDisable
End Sub

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Excel – Habilitar Desabilitar macros via VBA